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１０月１２日９时零分零秒，发射神六飞船的长征二号F型运载火箭点火。
火箭在点火４秒钟后升空，轰鸣声回荡在戈壁滩上空。这是长征火箭第８８次发射。
点火第１２秒，火箭向东稍偏南的方向实施程序拐弯。此时，火箭距地面高度为２１１米。
点火第１２０秒，火箭抛掉逃逸塔，这是火箭第一个分离动作。
点火第１５９秒，火箭一二级分离成功，一级坠落。此时，火箭已经飞过了平流层和中间层，正在接近大气层边缘。
点火第２００秒，整流罩分离成功。飞行中，整流罩能保护飞船免受热和气流的作用。此时，第二级火箭已飞出稠密大气层，飞船不再需要整流罩的保护了。
指挥员宣布：飞船飞行正常。
指挥员宣布，飞船遥测信号正常，雷达跟踪正常。
中国载人航天工程着陆场系统全面启动。
雷达发现飞船目标，雷达跟踪正常。
神舟六号飞船上升运行２６０秒后，位于酒泉附近的副着陆场承担的飞船上升段应急返回搜救任务解除。
船箭成功分离，此时距点火时间约５８３秒。第一次安装在火箭上的摄像头，拍下了从点火到船箭分离的全过程。
点火５８３秒时，飞船与火箭在高度约２００公里处成功分离。北京航天飞行控制中心传来航天员向地面报告“船箭分离”的声音。
此次载人航天工程着落系统的任务区包括：内蒙古中部的主着陆场，酒泉附近的副着陆场，银川、榆林和邯郸的陆上应急着陆区，３个海上应急搜救区，以及国外多个应急着陆点。
神舟六号飞船正常上升运行４４９秒后，着陆场系统榆林搜救责任区任务解除。
神舟六号飞船正常上升运行５４４秒后，着陆场系统邯郸搜救责任区任务解除。
航天员向北京飞控中心报告：“ 仪表显示：帆板打开。感觉良好。”
在神舟六号飞船顺利进入轨道之后，着陆场系统承担的飞船上升段应急返回搜救任务全部解除。
胡锦涛等中央领导人在北京航天飞行控制中心兴致勃勃地观看神舟六号飞船升空实况。
北京航天飞控中心报告“飞船工作正常”。
北京航天飞控中心宣布：飞船正常入轨。
温家宝等中央领导同志在酒泉卫星发射中心现场观看飞船发射
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