审计公告具体指出，部分地方存在违规使用财政支农资金或资金管理不规范的问题。10省区市财政和有关主管部门违规使用资金26.93亿元(其中用于建房买车5837.4万元)，不规范管理资金45.75亿元，配套资金不到位65.97亿元。审计重点抽查的30个县在支农资金管理和使用方面均不同程度地存在问题。

　　此外，公告还指出，部分地区结存资金数额较大。截至2007年底，10省区市结存财政支农资金90.73亿元。其中，由于部分地方发放大中型水库移民后期扶持资金的移民数与国家有关部门核定的移民数不一致、扶持项目规划编制滞后等原因，造成10省区市结存中央财政下拨的扶持资金13.3亿元，占中央下拨这些地方的扶持资金总额的23%。

　　公告称，部分项目资金使用效益较差。审计抽查的10省区市应于2007年底完成的86个财政支农项目中，有32个未达到设计要求和预期目标，占抽查项目总数的37%，致使已到位的8.24亿元支农资金未能充分发挥效益。如内蒙古自治区应于2007年完工而未完工的支农项目总投资超过4.87亿元；重庆市林业局所属重庆市森林病虫害防治检疫站投资建设的昆虫博览园项目，因决策失误造成投资失败，其项目所有资产被法院拍卖用于抵偿债务，致使财政支农资金和国有土地增值收益1444万元全部损失。