1996年，嵊州二中作为一所市属初级中学诞生于嵊州大地。1998年8月，嵊州市调整办学结构，将马寅初中学高中部移至嵊州二中，同时，嵊州二中初中班并入马寅初中学。从此，嵊州二中作为一所全日制普通高级中学，进入了快速发展的阶段。如今的嵊州二中已经成长为浙江省级重点中学。学生人数由当初的400名增加到了现在的2600多名，班级数由当初的8个扩展到了现在的49个，教职工人数由当初的29名增加到了现在的239名。校园建设捷报频传，育人成绩硕果累累。

　　2001年5月，起步不久的嵊州二中面对条件落后、资金短缺的不利局面，想方设法拓宽融资筹资渠道，最终以社会融资等方式，克服资金困难，加大对软硬件基础设施建设的投入力度，使学校顺利起航。学校在一期工程建设的基础上，积极推进基础建设，嵊州二中的办学条件大为改善，办学档次显著提升。中央电视台、浙江电视台、《浙江日报》《钱江晚报》等媒体专题报道了嵊州二中的办学成果。

　　顺应高考改革，学校采取种种措施，力求质量提升，在教学上取得了骄人的业绩。自1998年8月成为全日制普通高级中学以来，学校共有13届毕业生参加高考，获省、地、市各级状元9位，其中2001年王烽同学获省理科状元，2002年胡科同学获绍兴市文科状元。先后有5位学生进入省前十名，24位学生进入省前一百名，100多位学生进入嵊州市文理科总分前十名，27位学生被北大、清华录取，4位学生被空军航空大学录取。15年来，共有近万名毕业生走出二中，走向全国各地。

　　嵊州二中的素质教育异彩纷呈。2003年以来，学校致力于构建以“社团活动、社区服务、社会实践”为主题的“三社”特色教育，全力打造强势的特色教育品牌。学校积极组织学生在寒暑假期间到嵊州市各社区开展多项“社区服务”活动，组织开展的“进山区，献爱心”暑期“社会实践”活动，被评为绍兴市“双千结对、共建文明”活动先进单位，学校被评为浙江省中学生暑期“四个一”社会实践活动优秀团队。学校积极开展社团活动，文学、艺术、科普等十多个社团开展得有声有色。其中尤以“国防科技·航模”活动最为突出。学生参加省级和国家级青少年航模锦标赛屡创辉煌，共有17位学生被授予国家二级运动员称号；学校先后被命名为省青少年航海模型定点单位、省航空航天模型训练基地、省模型运动先进单位、绍兴市“国防科技·航模”特色学校、绍兴市科普教育基地。北京航天航空大学原校长沈士团、省科协科普部部长吴高盛等领导、专家曾先后到校视察指导，海军司令部3位首长为学校国防科技航模教育的蓬勃发展欣然题词。办学以来，学校全体师生在“追求真理、追求知识、追求贡献”校训的激励下，争强创优，负重奋进，各项工作蒸蒸日上。学校共获得省二级重点中学、省文明单位、省现代教育技术实验学校、省绿色学校、省卫生先进单位、空军招飞工作先进单位等省市级荣誉200多项，两次因教育教学成绩突出受到嵊州市人民政府嘉奖。一所有质量、有特色、有内涵的省级重点中学越来越显示出她的强大魅力。

　　与马寅初颇有渊源的嵊州二中，一直以传承马老精神为己任，一直以马老精神激励师生，深受马老精神的惠泽。如今，嵊州市委、市政府决定将嵊州二中更名为马寅初中学，这是一项顺应我市教育发展的重大决策，也是对学校二次发展的极大鼓舞和鞭策。崭新的马寅初中学定将迎着新年的朝阳，载着马中人新的梦想和希望，奋力拼搏，励精图治，充分挖掘历史积淀和名人资源，加强内涵建设，注重文化传承，突出特色亮点，努力提高教育教学水平，不断扩大学校的社会影响力，在教育事业的征程上乘风破浪、扬帆远航！