由于当时清政府腐败无能、民不聊生，裘吉生就立志以行医为掩护，投身革命事业。光绪二十八年(1902)，他就与徐锡麟、陶成章、孙德卿、秋瑾等人交往，从事革命工作。两年后，他将“吉生”化名为“激声”，经蔡元培、蔡元康兄弟介绍，加入光复会，参与大通学堂创办工作。光绪三十一年(1905)，还创办了“教育馆”，积极宣传革命思想，与何廉臣等人成立了“绍郡医药学研究社”，被推为副社长，又创办了《绍兴医药学报》。不久，徐锡麟、秋瑾等一批革命志士相继被害，裘吉生也成了清政府的“通缉犯”，不得不离开绍兴，到上海后经友人蔡某介绍加入了同盟会，仍以行医为掩护继续从事革命活动。光绪三十四年(1908)，受同盟会委任转往东北，在满洲、奉天(沈阳)等地继续从事革命。当时，张作霖在东北疯狂追捕革命党人，他得到俄国人的密报，连夜单骑出关，才得以脱险。在东北期间，他结识了很多日本医界人士，留心收集珍贵的医籍，还积极搜购海外汉医书籍、东瀛版本中医书及先贤遗著稿本，得到不少珍藏孤本、精抄本，悉心研究，自谓“良医等于良相，治国原为治民”。

　　1911年，清政府被推翻，辛亥革命胜利。他又回到绍兴，继续行医。1913年，袁世凯嘱当时的内阁总理熊希龄委任裘吉生为汉阳新关监督，他拂然不受。1915年，他正式在绍兴北海桥创办了“绍兴裘氏医院”，由于医术高超、医德高尚，裘氏医院在医界声誉日增。他又组织成立神州医药会绍兴分会，先后任副会长、会长，主持编辑刊印《医士道》、《国医百家丛书》等，还恢复了《绍兴医药学报》，并任《学报》主编。绍兴医界学术活动在他和何廉臣、曹炳章等人的共同努力下，十分活跃，国内名家如张锡纯、张山雷均在《学报》上发表论述，成为中医界主要学术交流园地。