1945年，抗日战争胜利后，外国的基督教徒开始重聚中国。11月，谢乐门与另外三个英国人一起回中国考察，经一番周折，重新回到嵊县。次年佩基带着两个孩子也和谢乐门会合，继续开展宣教工作，当时全县有基督徒千余人。县城有一个高中班邀请佩基教日常英语，她常用《圣经》中的经文当教材施教。1949年1月，国共内战影响到嵊县，但教堂的聚会照常进行，特别是由世界布道家赵世光牧师主领的连续七天布道大会，声势很大，县城张贴布告，堂内人挨着人。谢乐门牧师还亲自带队去乡下，拿着当时少见的留声机传福音。5月22日，人民解放军平静地接管了县城，城里面没有打仗。1950年12月8日，最后的外国传教士谢乐门夫妇带着女儿离开了嵊县回国。

　　1949年5月22日，嵊县解放。次月，中共嵊县县委、县政府宣告成立，并随即开展对县城的全面接管工作。在前期接管中，对基督教堂采取了保护措施。1949年年底至1950年年初，由上海基督教会委派牧师须啟道来嵊县帮助教会牧养工作。

　　1950年6月，全县掀起了土地改革运动，嵊县教会停止了聚会活动。1951年10月起，开展了为期三年的镇压反革命运动，在取缔反动会道门的阶段中，基督教会及其信徒也遭受牵连，教堂被关闭。1953年起，部分地区陆续恢复教会活动。至1964年，开放的教堂有城关、黄泽、长乐、上里、崇仁、甘霖、陈村7所。

　　就在基督教会开始复兴的时候，1966年5月又掀起“文化大革命”运动，并迅速扩及嵊县城乡。在动乱的十年间，基督教会财产被没收，孝子坊教堂被占用办厂，有些乡村堂点被拆毁，传道人被批判，教会活动长期停顿。1978年12月党的十一届三中全会后，出现了改革开放的历史性转折，党和国家的宗教政策得到贯彻落实。城关和乡村教会财产逐步得到归还和兑现，教会活动逐渐恢复。至1981年，全县有家庭聚会点51处。1983年10月，经城关镇政府同意，城关教堂正式开放聚会。1984年11月，嵊县首次基督教代表会议召开，成立了嵊县基督教三自爱国运动委员会和嵊县基督教协会，使全市基督教活动与社会主义社会相适应，为全市基督教会的发展提供了良好的环境和条件。至1985年年底，开放的教堂有城关、黄泽、华堂、陈村、长桥、陆家溪、马家、甘霖、长乐、石璜、上沙地、上里、谷来、珠溪等14处，共有教徒2500余人。

　　20世纪九十年代起，继续贯彻党的宗教政策，依法管理宗教事务，坚持独立自主自办的原则，推进教会活动的健康发展。从1995年嵊县撤县设市至2002年，苍岩、浦口、黄泽、珠溪、屠家埠、新建庄、蒋镇、曹家洋、长桥、华堂及上沙地等11个教堂(聚会点)先后动工翻建、扩建和新建，合计建筑面积约8000平方米，其中黄泽和蒋镇两个教堂各可容纳1000名信徒聚会。至2002年年底，全市有开放堂(所)29处，保留场所7处，临时登记场所5处，有教职人员13人，受洗信徒7100人，慕道友500余人。

　　据市宗教管理部门对基督教原教派方面情况调查，开放堂点的信徒分为内地会、聚会处、浸礼会和守安息日(星期六聚会)4个教派，其中内地会分布在黄泽等8个乡镇，聚会处分布在长乐等13个乡镇，浸礼会分布在三界等3个乡镇，守安息日分布在甘霖、贵门2个乡镇。

　　1999年起，城关基督教会决定对外地专职传道人员实行聘任制度。2001年8月起，基督教会选送多名神学生和传道人赴浙江神学院等地进修深造。2002年4月，城关教会按立杨福忠为长老；同年选举产生了新一届堂委，杨福光为主任，史樟舟为副主任。2003年5月起，由卢雷任主任(堂管会改为长老执事会)。

　　2003年起，全市加强对农村宗教事务的管理，建立健全“市、乡镇、村”三级宗教事务管理网络，重点落实了乡镇(街道)、村两级工作责任制，并大力宣传国务院和省政府颁发的《宗教事务条例》，深入开展“和谐场所”、“平安场所”创建活动。2006年1月，城关基督教堂被市民宗局认定为2004年度“五好”场所。至2007年年底，全市基督教活动场所发展到42处，在册信徒8000余人。