在医药制度改革上，南京在全国一直是“急先锋”。

    从2003年开始，南京就开始尝试药房托管，从2006年4月起，南京市分批在全市156家二级以下医疗机构推行药房托管。药房托管的做法是：医院将药房的经营权托管给医药公司，提供用药目录，由后者负责供货，并按月将药品销售款的35%-40%返还医院。药房被托管的医院不再参加药品集中招标采购，改由托管方统一采购。

    南京药房托管曾经产生过积极的作用,据南京市卫生局2007年的统计数据,实施药房托管的医疗机构平均单张处方值比上年同期下降12.47%,平均门(急)诊人次药费、平均住院日药费分别比上年同期下降17.02%、18.93%。

    2006年，卫生部政策法规司奔赴南京，实地调研“药房托管”。调研结果认为，南京“药房托管”这一模式切断了医生、医药代表之间的联系，改变了医生处方的行为方式，减轻了群众负担。

    不过这种效果并没有长久维持下去,药房托管仍有无法调和的矛盾。南京一些患者发现,在药房托管后,虽然药品价格比过去降低了一些,但与改革前相比,有品牌的药品越来越少,除此以外，患者在医院看病时，明显感觉到检测项目在增多。

    在二级医院之外，更为重要的三级医院更是医药制度改革的难点。在2007年底，南京曾决定把药房托管推广到全市三级医疗机构，在南京市所属的9家三级医院都将实行“药房托管”。但这一计划受到了很大的阻力，转而被“药品集中托管”所取代。

    “在新医改大方向还没有定下来时，医院的药房改革前景仍不明朗。”江苏省药事协会一名专家表示。