1951年5月23日，马寅初被任命为北京大学校长。在这里，他反复阐述自己的观点：中国的教育一定要有中国的特点，改革教育要理论联系实际、实事求是，学习外国的先进经验，要与中国的实际情况相符合。

　　为把北京大学办成第一流的学府，马寅初经常请名人到学校演讲，从各界专家、学者到政府领导，都先后登上了北大的讲坛。

　　马寅初请名人到校演讲的办法，不但给北大带来了生机和活力，受到了全校师生的热烈欢迎，更提高了北大影响力和知名度。

　　马寅初对问题往往有自己的见解，决不盲从。他主张高等院校既要搞教学，也要搞科学研究，教学必须要和科研相结合，两者相辅相成，从而提高高校教学质量。

　　马老也很关心学生的成长。1956年国庆，学生们都到天安门去参加国庆游行，当时天正下雨，马老怕学生感冒，就在天安门城楼上给学校食堂打电话，要求准备好红糖、姜汤，给学生们喝。

　　还有一事，马老曾经到波兰出差，惦记着北大学生，订了1000只搪瓷碗，回来就发给学生们。