1949年8月到1951年5月，马寅初出任浙江大学校长。

　　在教学上，他反对学生死读书，要重视实践，学以致用。他还充分发扬民主，要求“人人提提案，个个想办法”，为学校的建设献计献策。在马寅初的倡议下，学校首创校代表大会的形式，让代表们充分讨论，研究和落实办好学校的建议。

　　平时，马寅初还常常对学生进行爱国主义教育。他曾先后5次带师生们到西湖之滨的凤凰山上，祭扫青年学生的榜样、浙江大学学生自治会主席于子三烈士的坟墓，号召师生们学习他坚贞不屈的优秀品质。

　　至今，还有一大批当时的浙江大学师生们清楚地记得马寅初的两次题词。一次是为了号召全校师生帮助国家克服财政困难，他曾这样写道：有困难，不隐瞒；有办法，就要做；有希望，要大家加倍努力。 还有一次，为了勉励大家提高思想品德修养，他特地挥毫：正其谊，不谋其利；明其道，不计其功。

　　马寅初在浙江大学虽然时间不长，但他的民主作风和坚持真理的精神给浙大人留下了深刻的印象。